Bien, desde ya les digo que no se puede activar el ALT, pero se puede disponer de una tecla que seleccionemos para utilizarla y tener disponible los caracteres especiales en el Ubuntu.
1) Nos vamos a Sistema->Preferencias->Teclado

2) Buscamos la etiqueta Distribuciones->Opciones de distribución

3) Abrimos la opción de "Posición de la tecla Componer". En mi caso estoy usando la tecla Ctrl derecha

Luego lo que hacemos es usar la combinación:
Ctrl + 'e = é
Ctrl + 'i = í
Ctrl + ~n = ñ
Etc
Suerte